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三代测序专题一:纯PacBio组装策略的适用性

发布时间:2023-06-04

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老习惯:先写推理dnastar拼接序列,不要浪费时间

推荐Canu和MECAT

拥有独特的单分子实时测序技术

(实时,SMRT)

|优势|

2016年以来,各类高分期刊陆续发表了借助技术获得的高质量基因组图谱,表明该技术早已成为基因组研究的标配。

然而,它的序列随机错误率很高(~15%)。 与 方法不同,纯序列组装使用 OLC 技术。

简单来说,序列是借助于关系来拼接的,类似于你拼接数据的过程。

几乎所有纯数据拼装软件的OLC原理都分为以下几个步骤:

从Reads中选择非冗余的长序列(对应);

以上述序列为参考,与其他序列进行序列比对(类似于重测序过程);

根据结果​​,纠正随机测序错误,生成一致序列;

检测关系,加入共识序列

如右图所示:

序列拼接软件_dnaman怎么拼接序列_dnastar拼接序列

应用:

dnaman怎么拼接序列_序列拼接软件_dnastar拼接序列

从以上结果可以得出以下推论:

(1) 适用于各种物种

(2) /N50明显低于NGS技术

(3)组装软件比较集中(、PBcR、canu、HGAP等)

各软件测试情况(Rank越小dnastar拼接序列,组装质量越高):

序列拼接软件_dnaman怎么拼接序列_dnastar拼接序列

对于基因组1G以内的物种,推论如下——

基因组:、Canu 和

25M~750M:Canu、MECAT、HGAP3

总成疗效综合表现:Canu和best

从计算资源消耗来看,MECAT和Canu有显着优势:

dnastar拼接序列_dnaman怎么拼接序列_序列拼接软件

参考文献:doi:10.1093/bib/

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