发布时间:2023-06-04
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老习惯:先写推理dnastar拼接序列,不要浪费时间
推荐Canu和MECAT
拥有独特的单分子实时测序技术
(实时,SMRT)
|优势|
2016年以来,各类高分期刊陆续发表了借助技术获得的高质量基因组图谱,表明该技术早已成为基因组研究的标配。
然而,它的序列随机错误率很高(~15%)。 与 方法不同,纯序列组装使用 OLC 技术。
简单来说,序列是借助于关系来拼接的,类似于你拼接数据的过程。
几乎所有纯数据拼装软件的OLC原理都分为以下几个步骤:
从Reads中选择非冗余的长序列(对应);
以上述序列为参考,与其他序列进行序列比对(类似于重测序过程);
根据结果,纠正随机测序错误,生成一致序列;
检测关系,加入共识序列
如右图所示:
应用:
从以上结果可以得出以下推论:
(1) 适用于各种物种
(2) /N50明显低于NGS技术
(3)组装软件比较集中(、PBcR、canu、HGAP等)
各软件测试情况(Rank越小dnastar拼接序列,组装质量越高):
对于基因组1G以内的物种,推论如下——
基因组:、Canu 和
25M~750M:Canu、MECAT、HGAP3
总成疗效综合表现:Canu和best
从计算资源消耗来看,MECAT和Canu有显着优势:
参考文献:doi:10.1093/bib/
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