发布时间:2023-08-10
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半夜,朋友让我教她拼接顺序,所以我给她写了一个ppt
所需软件:
1.打开软件,我使用的版本是V6
选择序列、序列拼接
2.点击“添加文件”将拼接的序列选择进去
3、最小重叠次数和稠度可根据自己的需要进行调整。 调整完毕后,点击“拼接”。
注:如果重叠数与预期数不符,可适当减少最小重叠数。
4. 单击“显示结果”
(1)观察序列的方向
注意:如果这四个序列的箭头方向不同,说明你加载的序列有正向和反向序列。 这时候你需要回头检查并尝试将它们调整到前进的顺序
(2)检查四个序列的拼接情况
之前的情况可能是末端测序不准确,这三个核苷酸可以直接删除
注:如果中间出现之前的情况dnastar拼接序列,可以再次查看测序峰图来确认
(3)检测后,如果“ ”一栏没有黑色核苷酸,则说明没有问题。 选择“导出”,然后选择左上角的“保存”。
5. 序列可以组织成fasta格式
使用刚刚保存的序列文件,你会发现这种格式不太好看
这个时候我一般都是用别的软件打开这个,比如
将里面的序列复制到刚刚打开的文件中
之后,可以添加该序列的基本信息dnastar拼接序列,例如样本名称、基因名称、采样日期等。
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