文件：一般与UCSC 相关，用于显示和查询基因组注释信息。

gtf文件：是许多基因组注释工具和数据库使用的更通用的格式，例如NCBI等。

内容：

文件：主要关注基因外显子、转录本、编码区等信息。 它包含一些对特定应用有用的摘要信息，例如浏览遗传信息。

gtf文件：提供更详细的注释信息，可以包括基因、转录本、外显子、CDS、UTR等生物学特征，以及它们的相对位置、属性等。

应用：

文件：适合常规基因组浏览和搜索，更适合不需要深入分析基因结构的应用。

gtf文件：由于它提供了更丰富的注释信息，因此在需要详细的基因结构分析、转录本定量、选择性剪接研究等的应用中更常见。

（名词解释由and生成）

标准加工程序

1.质量控制()

检测原始测序数据的质量，包括测序错误、低质量核苷酸、接头污染等。需要使用的软件有、、等。我常用的软件是Fastp()，一步即可完成并且速度很快。

另外建库和扩增过程中会形成PCR重复，可以根据fastp结果消除（可以使用工具）。

fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz
#基于双端测序

2.比较()

将接头消除和质量控制的读数与参考基因组或转录组进行比对。 常用的对比工具有STAR、BWA等。

此类软件通常的流程是：

下载参考基因组：从适当的来源（例如UCSC等）下载您想要比较的物种的参考基因组序列。 确保您的测序数据获得正确的版本。

建立索引：使用上述软件建立参考基因组的索引（不同软件有不同的代码）。 索引是有助于快速比对的重要组成部分，它还可以尽早处理基因组信息以促进比对过程。 这通常是比较过程之前的一个步骤。

运行比对：使用软件将测序数据与参考基因组进行比较。 您需要提供测序数据的 FASTQ 文件，其中通常包括测序读数。 软件会尝试将这样的reads与参考基因组进行比较，并生成SAM/BAM格式的输出文件，其中包含每个reads的比对位置等信息。

处理结果：比较完成后dnastar序列比对，可以使用其他工具处理输出的SAM/BAM文件。 这包括排序、过滤和转换为更有效的二进制补码格式等步骤。

3.定量()

根据比较结果估计各基因的表达量。 这可以使用基因表达矩阵等工具来完成。

它是一款对测序数据进行定量遗传分析的工具。 它可用于估计每个基因的表达水平。 该工具的主要功能是将测序数据中的reads（片段）映射到已知的基因或转录本区域dnastar序列比对，并估计该区域的reads数量以反映基因的表达水平。

主要步骤：

基因注释文件规划：首先需要一个基因注释文件，其中包含基因和转录本的位置信息。 这可以是 GTF（基因注释格式）文件或其他合适的格式。

测序数据映射：使用基因组作图软件（如STAR等）将测序reads映射到基因组上，以确定每个reads的位置。

运行：以映射的测序数据和基因注释文件作为输入并运行软件。 该软件根据注释文件将读数分配给不同的基因或转录本区域，并估计每个区域的读数数量。

生成表达矩阵：将输出包含每个基因的读取计数信息的文件。 这个文件可以进一步处理生成基因表达矩阵，其中每一行代表一个基因，每一列代表一个样本，矩阵中的值是对应样本（即文件）中每个基因的read count 。

以上是-seq上游处理的基本操作。

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