对于每个进入生物领域的人来说，分子克隆基本上是不可避免的。 当然，还需要一个方便的DNA比对软件。 今天我向大家强烈推荐一款DNA比对软件：

猿猴（一）

这个软件不仅可以做DNA序列比对和DNA序列翻译dnastar序列比对，还可以做引物设计、酶切位点设计、质粒图谱构建（这个还是比较有用的，不过是收费的）、ORF搜索等实用功能，下面我就来详细介绍一下这些常用的功能。

1. DNA序列比对

将序列粘贴到对话框中。 工具栏有一个带有双头箭头图标的反向互补工具，可在反向测序期间使用。 创建另一个文件并粘贴所需的序列进行比较：

在“工具”中选择“对齐两个”以执行双序列对齐。 结果一目了然dnastar序列比对，并以红色清晰标注。 双击想要查看的位置即可进入对话框，可以轻松找到突变的位置。

2. 翻译DNA序列

选择要翻译的序列，然后按 ctrl+T 将 DNA 序列翻译为蛋白质序列。 您还可以设计如何显示每行的长度和蛋白质缩写。

3. 引物设计

输入序列，在Tools中找到find，会弹出一个对话框，包括长度、Tm值、GC含量、GC钳、二级结构等可以自己设计的参数。

4. 酶切位点的设计

进行分子克隆时，常用的将片段插入质粒的方法是限制性酶连接。 这时就需要考虑目标片段适合哪个酶切位点。

输入序列后，点击选择或使用快捷键ctrl+E，弹出限制性内切酶列表，包括常用的酶。 单击酶以标记所需的核酸内切酶。 双击酶名称，弹出该酶的酶切位点信息。

5.ORF搜索

在序列的任意位置单击鼠标，然后从该位置开始向后（Find Next）或向前（Find）查找ORF序列。 单击“查找下一个”，软件将给出搜索结果。

APE的Tools还具备很多功能，如质粒图谱构建、sgRNA设计、Gate等强大的设计功能，满足了实验室的大部分常规使用。 你可以根据自己的需要来学习。

这个软件对于刚开始学习分子克隆的新手来说真的很友好。 快去下载试试吧~

软件下载链接：

如有侵权请联系删除！