查询ID显示结果的查询序列id

右图中的可选参数用于过滤结果。

允许设置物种名称

允许您设置过滤的身份级别，例如94.74%至94.76%

E Value 允许按期望值进行过滤，例如设置 0.0001 至 5e-120 (5x10-120)。

它是 BLAST 结果的默认显示选项，可以通过旁边的按钮进行切换。

以上结果默认按照E值从高到低排序。 点击后面的每个数字可以直接跳转到相应的核酸库或蛋白库。

可以根据图形序列链接到匹配的显示器（如下图所示）

tree of 可以以距离树的形式显示对齐结果（如下图）。 如果比对是蛋白质序列，那么也会有一个用于系统发育分析。

查询序列和数据库序列之间的详细比对信息包含在选项下。

BLAST功能强大且易于使用，但它也有一些缺点。 其分析速度比较慢，比较结果不够直观，不利于后续处理。 比对无法显示基因内含子、外显子、基因定位等。

BLAT（The BLAST-Like Tool）也是常用的序列比较工具。 对于 DNA 序列，BLAT 旨在查找至少 25 个碱基相似度达到 95% 或以上的序列。 对于蛋白质序列，BLAT 旨在查找至少 20 个氨基酸相似度达到 80% 或以上的序列。

与BLAST相比，BLAT比较更简单、更方便、更快捷。 它还可以输出更具可读性的比较结果，并且可以轻松找到外显子和总和。 BLAT 还可以处理 DNA、RNA 和蛋白质序列的比对。 在线 BLAT 工具可在线获取。 您还可以下载该工具的安装版并离线进行对比分析。

BLAT也有一定的局限性。 例如，当用于比较远缘物种之间的核酸序列时，比较精度不够高。 建议使用专门为此目的开发的软件； 对于少量蛋白质比较任务（如数字条或几十条条）dnastar序列比对，在速度和准确性方面优于Blat； 另外dnastar序列比对，Blat在反复搜索短匹配片段的同时，会产生过多的没有生物学意义的序列比对片段，可以通过一步分析来确认。

几种常用的多序列比对软件

它是一款简单且常用的核酸序列分析软件。 支持多重序列比对、序列同源性分析、酶切位点分析、PCR引物设计、质粒绘制等功能。 这是一个非常友好的界面和软件。 占用内存小，兼容性好。 可以说是分子生物学家必备的工具之一。

它是一种基于渐进式比对的多序列比对工具。 它有适用于多种操作系统平台的版本，包括Linux版本、DOS版本等。它不仅可以用于多重序列比较，还可以用于-比对，以及基于-方法构建进化树。 最常用的方法是多序列比对。 但由于它采用的是渐进比较方式，无法保证最优比较，且速度不够快。

它是最快的比较软件之一。 它在速度和准确性方面都具有优势。 它可以快几个数量级。 而且序列越多，速度差异就越大。

它使用迭代方法进行比较操作。 每个优化过程都是一个迭代过程。 通过不断使用动态规划算法重排来纠正这个错误，同时对这些子组进行比较以获得所有序列的全局比对。 但精度会降低，并且对内存的要求更高。

MAFFT对于多序列比较的准确度和速度都比较高，使用时需要调整的参数也比较少。 当前版本提供增量法和迭代精化法两种比对方法，还包括大量序列更快比对、更高精度比对、非编码RNA序列比对等选项。MAFFT还提供在线和本地版本。

以上就是给大家介绍的一些比较常用的对比软件。 如果你想了解你想学哪个软件，可以留言。 我们可以推出详细的使用教程并附上程序链接或软件包。 除了上面介绍的之外，还有很多对应不同功能的比对软件，比如用于基因组比对的比对软件、用于测序数据拼接的比对软件等。

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