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miRNA是科研的菜鸟朋友。

研究仍然是国外研究机构的热门领域。 每年都有大量相关文章发表或相关基金申请。 功能研究中最重要的是对其靶基因的确认。 Heye明天会为大家介绍一些常用的目标基因预测工具。

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网址：新版本

老板

使用起来非常简单方便。 输入基因名可以发现某个基因的3'UTR有多种可能的功能。 最新版本还以人性化的方式列举了目前发现的各种3'UTR。 输入名称可以查明多个目标基因的可能作用。

在图 1 的网站中查找目标基因的候选 miRNA

在图2的网站中找到目标miRNA的候选目标基因

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与 相比dnastar序列比对，主要减少了 ncRNA 和非 3'UTR 区域的检索。

图3 miRNA靶基因预测包括ncRNA

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数据库

miRDB 不仅仅是功能性的。 它不仅可以搜索3'UTR区域之外，还可以搜索编码区域和5'UTR区域，以及匹配给定的序列。

图4 miRDB预测目标基因或寻找候选miRNA

图 5 miRDB 可以筛选给定序列或非 3'UTR

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RNA22

与miRDB类似dnastar序列比对，RNA22可以预测miRNA的靶基因，预测mRNA的候选作用，miRNA()。 据悉，其在线预测特定基因序列和特定miRNA序列作用位点的功能非常强大（）。

图6 RNA22预测miRNA靶基因

图7 RNA22预测结合位点和特定候选序列

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其他预测工具

.org

皮塔饼

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基于实验数据的miRNA-靶基因库

收集基于 Ago-Seq 数据的 miRNA、mRNA 和各种 ncRNA 的相互作用结果。 用散点图和直方图绘制miRNA和靶基因在各种癌症中的表达水平是非常有意义的。

图 8 数据库

图9 分析和靶基因在癌症中的表达

图 10 包含已检查的 miR 数据

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图 11 数据库

该数据库包含通过各种方式测得的miR-数据，研究人员可以查看目标基因是否已经被研究或研究程度等。

miRNA靶基因的预测往往需要多种预测工具。 希望Heye介绍的工具对大家的miRNA研究有所帮助。

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