发布时间:2025-09-27
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01
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标准 PCR 检测的引物设计
该搜索方法运用邻近匹配方法,检索出溶解温度最为精准的 PCR、多重以及 SNP 基因分型引物,这些引物包括最佳匹配序列的探针。在将最符合需求的引物按照排列顺序呈现给您之前,会先对引物的二级构造、二聚体现象、发夹形态、同源性以及物理性质进行筛选。从 NCBI 载入目标基因,确定搜索区域,静待系统为您筛选出最优引物。
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从 dbSNP 数据库中获取序列,并确定引物设计位置在 SNP 位点的邻近区域。标准 /dbSNP 文件里,把 SNP 标记为变异特征,就能批量导入未公开的 SNP 信息。选定 SNP 之后,可以设计引物进行扩增,以便通过探针化学方法进行检测。
多重检测
对于多次实验,可以批量启动引物探寻,接着验证已设计引物的串扰效应,进而降低无效引物的比例。
自动同源性和模板结构避免
能够自动解读 BLAST 查询结果,并绕开这些部分来设计出与数据库有高度相似性的引物序列。这些相似区域在序列图上会特别标明,并且在引物寻找过程中会被排除在外。
模板结构在延伸温度下可能存在,这会妨碍引物延伸过程。为了防止模板自身折叠造成的问题,该程序会采用特定算法,在您设定的折叠温度下,检测模板内部潜在的二级结构。那些可能参与形成二级结构的区域,在序列展示时会用下划线标记,并在设计引物时被排除在外。
防止同源区域导致寡核苷酸特异性过高,防止模板结构提升引物设计成效。
手动引物搜索
用户能够自主决定引物设计全过程。借助手动搜寻功能,可指定模板链上任意位点,进而构建正向或反向引物。系统即时分析新引物的各项参数,并将结果呈现出来。选定后的引物最终会出现在程序主界面序列图之中。
编辑模板序列
模板序列能够被编辑,用户可以自行调整,基础部分可以通过常规的剪切、复制、粘贴方法进行改动,多余的序列部分可以用删除键移除,用户还可以对序列内容进行说明或标注,并将这些注释保存下来,方便日后查阅。
02
功能
新改进的搜索算法
自动序列检索
借助登录号/GI 编号和检测 ID,能够直接从 和 dbSNP 快速查询到批次序列,也可以利用多种检索工具,从本地存储设备中读取序列。
自动同源性和模板结构避免
引物与特定序列的匹配度,能够借助执行 BLAST 查询和解析模板构造来判定。构建引物时dnastar lasergene,会参考这两种查询的输出信息。设计引物期间,系统会自动排除那些与多种序列存在高度相似性且具备模板构造的区域。
评估预先设计的引物
检测预设引物的性能,并按照优劣进行排列,以便您判定引物与目标序列的接近程度。若采用公开或已验证的引物,该功能尤为适用。同时,能够评价含有最多五个偏差的引物。
针对特定的底漆,也能够规划配套的方案,比如,对于事先规划或公布的正向引物,能够寻获满足全部规划规范的配套反向引物。
无需键入模板序列也能评定正向/反向引物或引物组合。 展示待分析寡核苷酸的全部特征,可选用 HTML 或 csv 文件形式输出。 对引物进行排序,便于比较它们同目标值的相似度。
手动引物搜索
用户能够自主决定引物设计全过程。借助手动引物搜寻功能,人们可点选模板序列上的任一碱基,以便在指定位置生成引物。系统会生成以该碱基为3'末端的引物,并即时评估其性能。用户亦可依据个人需求,调整引物的长度。在基因突变和分子克隆方面,该特性有助于在特定限制条件下优化引物方案。可以沿着核酸链“移动”探针链,即时呈现特征,便于使用者直观锁定核酸片段的最适方位。
编辑模板序列
能够调整模板序列,借助常规的复制粘贴手段可以更改碱基,把目标区域清零。可以选取不需要的部分,通过点击将其移除。软件还支持为序列附加说明,方便日后查阅。
序列视图
该序列能够以每段 3 或 10 个碱基的长度,单链或双链的形态进行展示。经过标记的引物中,有义引物呈现蓝色,反义引物则为红色。特定的 SNP 标记以粉红色标注。同源区域采用黄色进行强调,构成模板结构的碱基下方会加上划线。用户可以将“序列视图”连同引物设计成果,以 csv 或 HTML 的文件格式导出保存。
生成报告
能够为实验记录本制作的化验及同事间交流资料,可编写成专业水准的文档资料,该资料会标明引物在序列中的具体方位,同时附有备选引物清单,其中会列出引物、扩增片断以及序列的相关特征,还会说明引物设计方法所采用的设计参数。
本地和桌面 BLAST 选项
利用本地和桌面 BLAST 工具,可针对您自建的数据库对序列执行比对查询。先在个人电脑上构建文本或 FASTA 格式的序列资源库,再运用这些资源库对查询序列开展 BLAST 分析。分析完成后,所得数据可用于探针的构建。当您不愿将数据上传至公共平台,或处理的是未公开的资料时,这种功能尤为便利。
计算器
内部计算工具可以确定 GC 含量,同时呈现碱基统计信息,帮助您找出配对序列和其反向配对序列。
数据和数据库管理
能够建立好几个工程,每个实验单独设一个工程,这样多个实验的数据就好管理了dnastar lasergene,还能照看序列信息跟搜索结果,在本地建个数据库。
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系统需求
*上海卡贝信息技术有限公司是 中国区授权经销商。
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