对于每一个踏入生物领域之行的人而言，基本上是难以避开分子克隆的（那些有着相应认知的同胞除外），既然如此那自然是需要一款合适顺手的DNA比对软件。今日在此要给大家大力强烈推荐一款DNA比对软件，它就是APE（a ）。

（你提供的内容中“这个还是 更好用”表述不太清晰准确，我按照大致理解进行了改写，可能与你的原意不完全准确契合。）

先发个软件的链接，需要的小伙伴可以去下载使用

http://.utah.edu///ape/

1. DNA 序列比对

于对话框之内粘贴序列，工具栏之中有着反向互补之工具，其图标乃是双向箭头，当处于反向测序情形之时方可使用。接着新建另外一个文件，把所需序列予以粘贴，接着便可开展比对，情况如下图示。

于 Tools 之内进行相应选择，选中 Align Two，以此开展双序列的比对工作，其结果清晰明了，皆借助红色予以标注，清晰无误，若双击想要查看的位置，便能够进入至对话框之中，如此一来，便于寻找到突变所处的位置。

2. 对 DNA 序列进行翻译

选取你要翻译的序列, ctrl+T 就能将DNA序列转化成蛋白序列得以实现dnastar序列比对，自身也能够去开展每行展示多长以及蛋白简写形式的设计。

3. 引物设计

将序列进行输入，于 Tools 之中寻觅 find，促使对话框弹出，此对话框涵盖有长度、Tm 值、GC 含量、GC clamp、二级结构等参数，这些参数可供自行开展设计。

4. 酶切位点设计

做分子克隆时，要把片段插入质粒，常用方法是酶切连接，这时得考虑目的片段选啥酶切位点合适，同样输入序列后，单击选择或者快捷方式ctrl + E，能弹出限制性内切酶列表，里面有常用的酶dnastar序列比对，单击酶可对所需内切酶标记，双击酶的名称，会弹出酶的酶切位点信息。

5. ORF 查找

于鼠标单击序列的任一位置处，之后由该位置起始向后（Find Next）或者向前（Find）寻觅ORF的序列，点击Find Next，软件给出查找之结果。

APE的Tools里存在好多功能，像质粒图谱构建，sgRNA设计，Gate等厉害的设计功能，用来满足实验室大部分常规的使用，大家能够依据自身需求予以学习。

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