1离线质粒设计软件

（1）作为专业的质粒设计软件，它对质粒和杂交探针具有非常强大的搜索功能，可以分析质粒错配、二聚体、发夹结构。 使用方便、速度快，应该是目前使用最广泛的质粒设计软件。 已经更新到0.25版本，比新版本更容易使用。

（2）与Oligo相比，它是更专业的软件，具有更强大的质粒分析功能。 Oligo软件的运行是基于java环境的，因此安装前必须在计算机上安装Java环境。

（3）BioXM是一款非常简单明了的分子生物学软件，具有非常友好的英文操作界面。 不仅用于质粒设计，还用于序列比较和限制性位点鉴定。

2在线质粒设计工具

(1) 在线网址： 。 界面简洁dnastar序列比对，可设置项目较多。 特别适合复杂质粒的设计。

(2) NCBI 爆炸。 网址：工具。 作为结合BLAST的质粒筛选平台，除了筛选质粒外，能够对质粒的特异性做出直观的判断是非常重要的。

3 多序列比对分析软件

多重序列比对于分析基因的保守区域和理解基因序列的相似性关系具有重要作用。 目前常用的多序列比对工具包括：MEGA、、等软件。 其中，速度较快，可以直接建立进化树。

4综合分析软件

目前有很多功能强大的生物软件，具有丰富的质粒设计、基因序列比对、引物图谱绘制等功能，甚至实现了一款软件同时分析DNA、RNA和蛋白质的功能。 目前常用的此类软件有：、、、、等。

（1）是一款高度集成的分子生物学应用软件，可以执行：多重序列比对、PCR质粒设计、限制性内切酶分析、蛋白质分析、质粒绘制等。

（2）作为一款知名软件，你能想到的大部分需求，比如：序列比对分析、测序组装分析、虚拟克隆、引物设计、蛋白质注释、系统发育等，都可以通过这个软件实现。

（3）与NTI类似dnastar序列比对，它不仅具有丰富的核苷酸和蛋白质分析功能，而且您还可以编写自己的脚本并通过应用程序套接字功能集成平台。

(4)是一款优秀的DNA序列分析软件。 不仅可以用于质粒设计、序列比对，还可以展示引物装置，是基因克隆的好帮手。

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