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DNA序列拼接

发布时间:2023-11-11

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晚上,同学让我教她拼接顺序,所以我给她写了一个ppt。

所需软件:,

1.打开软件,我使用的版本是V6

选择“序列”,然后选择“序列拼接”

序列拼接的目的_序列拼接的原理_dnastar拼接序列

2、点击“添加文件”,选择需要拼接的序列。

序列拼接的目的_dnastar拼接序列_序列拼接的原理

3、最小重叠次数和一致性可以根据自己的需要进行调整。 调整完毕后,只需点击“拼接”即可。

序列拼接的目的_dnastar拼接序列_序列拼接的原理

注:如果重叠次数不符合预期,可适当减少最小重叠次数。

4. 单击“显示结果”

(1)观察序列的方向

注意:如果这四个序列的箭头方向不同,则说明您加载的序列有正向和反向序列。 这时候你需要回去检查并尝试调整它们以向前序列。

(2)检查四个序列的拼接情况

如果出现上述情况,可能是由于末端测序不准确造成的。 这三个碱基可以直接删除。

注:如果中间出现上述情况dnastar拼接序列,可以再次查看测序峰图来确认。

(3)检查后,如果“ ”栏中没有红色碱基,则说明没有问题。 选择“导出”,然后选择左上角的“保存”。

dnastar拼接序列_序列拼接的原理_序列拼接的目的

5. 序列可以组织成fasta格式

使用您刚刚保存的序列文件。 你会发现格式并不好看。

序列拼接的原理_序列拼接的目的_dnastar拼接序列

这个时候我一般都会用别的软件来打开dnastar拼接序列,比如

序列拼接的目的_序列拼接的原理_dnastar拼接序列

将以上序列重新复制到刚刚打开的文件中

dnastar拼接序列_序列拼接的目的_序列拼接的原理

然后您可以添加有关序列的基本信息,例如样本名称、基因名称、采样日期等。

序列拼接的目的_dnastar拼接序列_序列拼接的原理

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