1 离线引物设计软件

（1）作为专业的引物设计软件，具有非常强大的引物和杂交探针搜索功能，可以分析引物错配、二聚体、发夹结构等功能。 使用简单、速度快，应该是目前使用最广泛的引物设计软件。 它已经更新到了.25版本dnastar序列比对，但是比新版本更加简单易用。

（2）相比之下，Oligo是更专业的软件，引物分析功能更强大。 Oligo软件基于Java环境运行，因此安装前必须在计算机上安装Java环境。

（3）BioXM是一款非常简单明了的分子生物学软件，具有非常友好的中文操作界面。 除了引物设计之外dnastar序列比对，还可以进行序列比对和限制性位点鉴定。

2 在线引物设计工具

(1) 在线网址：。 界面很简单，有很多可配置的项目。 非常适合复杂引物的设计。

(2)NCBI-BLAST。 网址：工具。 作为结合BLAST的引物筛选平台，它不仅可以筛选引物，还可以对引物的特异性做出直观的判断，这是非常重要的一点。

3 多序列比对分析软件

多序列比率在分析基因的保守区域和理解基因序列之间的相似性关系方面发挥着重要作用。 目前常用的多序列比对工具包括：MEGA、、等软件。 其中速度较快，可以直接构建进化树。

4 综合分析软件

目前有很多功能强大的生物软件，功能丰富，如引物设计、基因序列比对、质粒图谱绘制，甚至在一款软件中同时分析DNA、RNA和蛋白质的功能。 目前常用的此类软件有：NTI Suite、、、、等。

（1）是高度集成的分子生物学应用软件，可以进行：多重序列比对、PCR引物设计、限制性内切酶分析、蛋白质分析、质粒作图等。

（2）作为一款知名软件，这个软件可以实现你能想到的大部分需求，比如：序列比对分析、测序组装分析、虚拟克隆、引物设计、蛋白质注释、系统发育等。

（3）与NTI类似，除了丰富的核酸、蛋白质分析功能外，您还可以编写自己的脚本，通过应用接口功能集成平台。

(4)是一款优秀的DNA序列分析软件。 除了引物设计和序列比对外，还可以帮助展示质粒元件，是基因克隆的好帮手。

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