自1985年日本PE-Cetus公司人类遗传学实验室发明划时代的聚合酶链式反应（PCR）以来，PCR技术具有特异性、灵敏、高产、快速、简单、重复性好等优点。 很快它就被广泛使用。 PCR已成为分子生物学领域最基本、最重要的技术手段之一。 质粒设计是PCR技术的重要组成部分。 找到一对合适的核酸片段作为质粒，从模板DNA序列中有效扩增目标片段。

质粒设计过程

质粒设计应遵循三个基本原则：

①引物和模板的序列应紧密互补；

②防止引物与质粒之间形成稳定的二聚体或头饰结构；

③引物不能在模板的非目标位点引起DNA聚合反应（即错配）。

到目前为止dnastar引物设计dnastar引物设计，最常用的质粒设计软件是6.25和在线工具3，质粒评估软件是。

6.25

-BLAST（用于PCR质粒的设计和测量）

3（全面的PCR质粒和杂交探针设计工具；许多选项首选默认值。）

（同源——简并杂合寡核苷酸质粒设计；简并PCR质粒设计；接受未比对的序列。）

〜bryan/irc/-/-cache/.html

Gene（用于标准和简并质粒的交互式质粒设计工具；接受未比对的序列。）

;=

与Pro

PCR（用于序列突变的限制性分析）

.4（通过增加随机质粒形成的概率来增加 PCR 噪音。）

.4（基于蛋白质和核苷酸或单肽链多重比对的PCR质粒设计工具。）

（质粒设计工具，首次使用需注册）

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