刚读研那会儿，同学们大多采用五种方法比对序列，或者自行设计引物，唯独我坚持使用BioXM，并非否定前两种工具的价值，而是因为BioXM操作起来极为便捷。

先前讲解基因突变引物构建技巧时，提及了BioXM程序舍弃数字的功能，这仅是它最基础的应用价值。

今天给大家分享一下，怎么让BioXM更好的帮助到你。

软件的操作界面如下图所示dnastar序列比对，非常的简洁明了。

我们顺着左侧栏，先讲一下最基础的四个功能：

1、酶切位点分析

在进行质粒克隆操作时，需要先检查目标序列，明确其中包含哪些酶切位点，以便在引物设计环节加以避开，避免限制性内切酶在基因内部造成切割。

借助这款工具，能够轻松检测酶切位置，把目标序列输入右边的文本区域，然后启动酶切位点检测功能，无需关注酶切点的准确位置，直接滑动到页面底部，查看哪些酶切点不存在，从中挑选出适用的酶切点，操作即可完成。

例如，这段序列包含七十三种酶，可以将其保存，并将文字内容输出为TXT文档。

2、引物设计

将序列粘贴入序列框，点击引物设计，就会出现下面的选项。

可以自行决定要设计的是五 prime 端还是三 prime 端的探针，探针的长度和 GC 比例等参数，在右侧栏中能够增加识别位点以及保护性碱基，当所有设定都完成后，按下筛选按钮，下方便会列出可供选择的探针，探针的 GC 比例、熔解温度以及探针二聚体等特性可用于辅助挑选最合适的探针。

引物无论是位于5’端还是3’端，其设计时就已经确定了从5到3的排列顺序，因此无需进行任何调整。

3、序列比对

这个程序设有五个用于存放序列的栏位，可以将不同的序列分别填入各个栏位之中，接着点击序列对比功能，需要比较的序列需要打上勾选标记，该工具能够对比DNA以及RNA两种类型的序列，根据实际需求选择相应的对比类型，最后点击确认按钮即可启动序列对比操作。

比对正确的序列下方会标记星号，比对错误的序列下方会标记减号。

4、序列格式化

输入的字符序列通常是一组连续的字母，有时需要调整其布局dnastar序列比对，或者在DNA序列下方标注对应的蛋白质序列，这就需要运用序列排版功能了。选择序列排版选项，勾选展示蛋白质序列，确认操作后，即可获得所需的蛋白质单字母代码。

软件下方另有多种存储选项，RTF格式、TXT格式，以及打印序列，均可转换为PDF格式保存。

BioXM除了那四个核心作用之外，还附带许多辅助性小功能，这些功能虽然单个作用不大，但综合起来非常实用。例如，它能够把序列转换成其他生物应用软件可以识别的FASTA格式或者类似标准。

序列分析选项里包含许多便捷的功能，能将DNA序列转译为蛋白质序列，也能把引物序列转换成其反向互补形式等等，可以说每个选项下都有许多实用工具，有了这个工具，基本上就能处理引物构建、序列对比等大多数需求。

这个软件由南京农业大学某位学生在2006年开发完成，目前最新迭代为2.6版本，距离发布已经过去了相当长的时间，因此可能与当前环境存在兼容性问题，但解决方法十分便捷，只需安装微软提供的运行库软件即可正常使用。

我将这个程序以及配套的系统文件装进了礼包里。只需在公众号的留言区打上“XM”，就能获得这个软件，赶紧来体验一下。

希望今天的分享对你有用！

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