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新手小白必看!NCBI查询基因序列及引物设计方法全解析

发布时间:2026-03-13

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NCBI属于一个极为强大的数据库软件,怎样去查询基因序列,怎样开展引物设计,怎样运用BLAST进行序列比对,诸如此类的问题,在NCBI上均能够极为便于地找寻到答案,然而对于好多新手小白来讲却仿若天书,不清楚该如何去使用。今日小编便跟大伙一同简易地认识了解NCBI,学习怎样去寻觅所需基因的信息。

1如何寻找基因信息

首先,打开 NCBI 网页

进入网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ,从中选择「gene」,接着输入您所需要的基因名称(此名称可以进行简写),就像人胃癌Runx3基因这样的情况,完成输入后进行搜索,随后再选择种属dnastar引物设计,比如homo ,之后点击进入。

哎,你瞧瞧这个网址呀,它是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/861 ,这一串字符真是够复杂的呢。

然后,使劲往下拉网页,在"NCBI ()"下方

.2 就是该基因的 DNA 序列号,

.1是异构体a的mRNA序列号,.1是与.1相对应的氨基酸序列号。

同样的道理,.2 朝着.1 的方向,这依次是异构体 b 的 mRNA 序列号,以及氨基酸序列号,.4 朝着.2 的方向,这些分别是异构体c 的 mRNA 序列号与氨基酸序列号。

点击进入相应页面就会出现详细的外显子、编码序列等信息。

2如何看懂 mRNA 的相关信息

选好 mRNA 序列号后dnastar引物设计,我们就可以利用其序列设计引物了。

以 Runx3 的异构体 c序列号 .4 为例。

点击,进入,那个网址,所对应的页面,即http://www.ncbi.nlm.nih.gov//.4。

此基因所处位置为 21 号染色体长臂,该长臂被表示为 q,其中具体到 2 带,此 2 带又包含 2 区,而这 2 区之中还有 3 亚区,中/map="21q22.3"所指的正是这样的位置。

基因1到5967,这代表着Runx3信使核糖核酸的长度。

3). "CDS" 为 mRNA 编码氨基酸的序列:

="

引号所引的内容,正是,Runx3基因所编码的,Runx3蛋白的,氨基酸序列。

“191..1633”,其中191是用于编码mRNA的起始位置,因此Runx3基因(针对人而言)的编码序列长度是1633减去191之后再加上1,其编码的蛋白是由1443除以3等于481个氨基酸所构成。

exon是于相应mRNA序列里的外显子,像..287 =1,这意味着exon1所对应的mRNA位置处在249至287的范围,依照此方式去类推。

首先,有一部分内容,它是具体的碱基序列,而这部分具体的碱基序列,是能够用来参照设计引物的。

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