在上一篇文章中，我们过滤了数据质量控制，所以现在我的下一步是进行比较。 在进行比较之前，我们需要先了解一下比较的目的是什么？ RNA-Seq数据比较和DNA-Seq数据比较有什么区别？

RNA-Seq 数据分析有多种类型，例如寻找差异表达基因或寻找新的替代剪接。 如果您正在寻找不同表达的基因，您只需要确定不同的读取技术即可。 我们可以使用bwa这样的比较工具，或者像这样的免对齐工具，但前者更快。

如果您需要寻找新的或替代的 RNA 剪接，您需要 STAR 等工具来查找剪接位点。 由于RNA-Seq与DNA-Seq不同，当DNA转录为mRNA时，内含子被部分去除。 因此dnastar序列比对，如果mRNA倒转的cDNA无法与参考序列进行比较，则会将其分离并重新比对，以确定中间是否有内含子。

本文的重点

下载索引

索引

比较

1.下载索引

通常有现成的索引可供人类使用。 我建议你尝试下载现成的，使用服务器自己创建索引，这会花费很长的时间。

#切换到工作目录，并创建index文件夹
master@master:~$ cd User/Projects/rna/biotree && mkdir index && cd index

#下载索引文件，并解压
master@master:~/User/Projects/rna/biotree/index$ wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg19.tar.gz

master@master:~/User/Projects/rna/biotree/index$ tar -zxvf hg19.tar.gz

2. 建立索引

工具上有一个命令是-build，只需要指定基因组fasta序列文件和创建的索引系列文件的前缀：

master@master:~$ conda activate rna

(rna) master@master:~/User/Projects/rna/biotree/index$ hisat2-build GRCh38.p13.genome.fa hisat2_index_GRCh38

请记住，创建的索引系列文件的前缀非常重要，后续比较实际上需要这个前缀。

3. 比较

# hisat2 -p 线程数 -x 索引 -1 转录组文件1.fastq -2 转录组文件2.fastq -S 输出文件.sam 

(rna) master@master:~/User/Projects/rna/biotree$ hisat2 -p 10 -x /index/hisat2_index_GRCh38 -1 SRR11618610_1.fasta.gz -2 SRR11618610_2.fasta.gz -S output/SRR11618610.sam

#重复其他两个数据

在复现这种代码的过程中，你可能会遇到各种问题dnastar序列比对，也有可能是我的代码不正确。 这时候你需要有足够的耐心和思考，并且相信你会做到。

如有侵权请联系删除！