转录组比对番外篇：aligner 与 mapping 区别

考虑到在转录组比对时，有许多软件可以使用，但很少有介绍它们之间的差别。另一种方法是使用统计模型将读数分配给可能的转录本（其中多个转录本可能在基因组上重叠）。—它们采用包含测序读数的文件并输出基因表达水...

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（伪）从零开始学转录组（5） 序列比对

顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。为了提高比对速度，就需要根据参考基因组序列，经过BWT算法转换成index，而我们比对的序列其实是index的一个子集。当然转录组比对还要考虑到可...

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转录组/宏/基因组学分析流程，值得收藏

基因组学，转录组学，宏基因组学，我们想要了解分析步骤，就需要了解建库原理。从头测序，这种情况针对的是我们没有参考基因组，需要进行基因组拼接，然后进行基因预测和功能分析。其中，BWA-MEM用于将测序r...

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⑤转录组上游数据分析——hisat2比对

上一篇文章我们将数据质控过滤，那么现在我下一步要进行的是比对，在比对之前，我们得了解比对的目的是什么？bwa这类比对工具，或者是这类align-free工具，并且后者的速度更快。，只需要指定基因组fa...

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一文搞定转录组分析方法

转录组分析方法一般而言，针对不同类型的测序数据，在进行组装序列和序列比对方法不同：有参考基因组序列的测序数据：针对有参考基因组序列的测序数据进行组装时，可以：已构建的转录组分析方法，可根据比对到基因组...

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⑤转录组上游数据分析——hisat2比对

bwa这类比对工具，或者是这类align-free工具，并且后者的速度更快。，只需要指定基因组fasta序列文件，以及构建好的索引系列文件的前缀即可：记住，这个构建好的索引系列文件的前缀非常重要的，后...

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（伪）从零开始学转录组（5） 序列比对

顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。为了提高比对速度，就需要根据参考基因组序列，经过BWT算法转换成index，而我们比对的序列其实是index的一个子集。当然转录组比对还要考虑到可...

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