RNA-seq数据分析完全指北-06：比对到基因组并定量

对于有参转录组，一般采取的还是比对定量的方式。2、构建基因组索引2.：指的是针对基因组上的某一块区域的不同版本的序列，与原始的基因组组装序列是平行的关系，这些往往是在不同的个体中发现的，算是对原有参考...

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STAR:转录组数据比对工具简介

构建基因组索引在构建索引时，还支持加入的区间信息，通过指定对应的文件，多个文件用逗号分隔，这种格式的文件是由STAR比对产生的，通常用于2-pass比对模式。比对完成后，会输出许多文件，包含4个类别单...

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一款让程序员编程更智能的开发工具——Kite

对于程序员而言有一项刚需，就是花费时间搜索互联网的相关开发文档和代码示例。3，和，Kite也许会成为程序员喜爱的代码编辑器。使用Kite，编程时需要连接到互联网，因为Kite工作通过索引你在云上的代码...

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⑤转录组上游数据分析——hisat2比对

上一篇文章我们将数据质控过滤，那么现在我下一步要进行的是比对，在比对之前，我们得了解比对的目的是什么？bwa这类比对工具，或者是这类align-free工具，并且后者的速度更快。，只需要指定基因组fa...

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intellij idea 重置默认视图 优化 SQL 的 21 条方案

null就会不走索引了，这个跟mysql版本以及查询成本都有关；其实是因为一般情况下，查询的成本高，优化器自动放弃索引的；=或操作符，否则引擎将放弃使用索引而进行全表扫描十五、避免在索引列上使用内置函...

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STAR:转录组数据比对工具简介

构建基因组索引单端数据比对的基本用法如下在第二次比对之前，重新构建一次基因组的索引，添加所有样本的SJ.out.tab文件，然后利用新的基因组索引重新比对。Basic参数，软件会自动进行两次比对，将第...

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⑤转录组上游数据分析——hisat2比对

bwa这类比对工具，或者是这类align-free工具，并且后者的速度更快。，只需要指定基因组fasta序列文件，以及构建好的索引系列文件的前缀即可：记住，这个构建好的索引系列文件的前缀非常重要的，后...

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包管理器到底管理了什么？

安装软件包为什么需要包管理器相对于下载源码进行编译，APT这类工具将安装简化成几条指令软件包被安装到哪里默认包管理器会将一个软件包分解成很多文件，放在其该有的位置，例如都没能删除软件包在用户目录下创建...

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