三代测序专题一：纯PacBio组装策略的适用性

拥有独特的单分子实时测序技术2016年以来各高分杂志陆续公布依靠技术获得的高质量基因组图谱，说明该技术已经成为基因组研究的标配。graph方法不同，纯序列组装使用OLC方法。简单来说，就是序列依靠关系...

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dnastar拼接序列 DNAStar软件及中文使用说明书

序列的重叠片段、创建虚拟克隆和设计引物，充分利用多种综合性分析工具在一个单独的集成软件包里囊括了新一代序列组装和分析所需的所有工具。选择文件的安装目录后，点击“Next”，如果想要自定义安装目录的话，...

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hisat2:比对基因组工具简介

由于测序仪机器读长的限制，在构建文库的过程中首先需要将DNA片段化，测序得到的序列只是基因组上的部分序列。为了确定测序reads在基因组上的位置，需要将reads比对回参考基因组上，这个步骤叫做。同时...

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RNA-seq数据分析完全指北-06：比对到基因组并定量

对于有参转录组，一般采取的还是比对定量的方式。2、构建基因组索引2.：指的是针对基因组上的某一块区域的不同版本的序列，与原始的基因组组装序列是平行的关系，这些往往是在不同的个体中发现的，算是对原有参考...

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干货：转录组生信分析流程大比拼，你pick哪一款 | 转录调控专题

如果研究物种不存在可靠的参考序列（基因组或转录组），则可以使用从头组装来识别转录本，即无“参”转录组，没有合适的参考序列，从头组装出转录本序列，再进行转录本的定量。比如经典的无参转录组先基于从头组装工...

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新型冠状病毒荧光PCR引物探针设计，难在哪里？

在新型冠状病毒检测中，以美国CDC的第一套引物探针为例，从图1可见，上游引物处SARS病毒有一个3-bp的插入，是不可能扩增的，蝙蝠病毒在上游引物有4个突变，探针有1个突变，下游引物有5个突变，理论上...

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dnastar引物设计 科研小技巧（5）两个网站，搞定所有sgRNA设计

今天两个sgRNA设计网站，搞定所有序列的sgRNA设计！因为平时所需的sgRNA，要么是针对已知基因的引物设计，要么是针对非编码区域的引物设计。针对已知基因的引物设计，推荐使用网站：针对非编码区域的...

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我要移除相似性在99.99%以上的序列

不过，如果使用单独的程序进行比对，似乎又不能和参考序列的注释信息进行关联了。因此，序列注释可以基于多序列比对后并利用参考序列的基因信息。移除高度相似序列我导入比对后的核苷酸序列，运行程序分析后，拿其中...

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关于全基因合成服务报告的解读

File（意为序列比对文件），是将我们合成好的基因序列与客户指定的序列进行比对。彩色峰图及下面一行彩色字序列为我们实际合成好的序列，与上一行黑色字部分作比对（本例仅截取部分图片，实际结果可能会有好几页...

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dnastar序列比对 DNASTAR Lasergene Molecular Biology

综合序列分析软件，用于序列比对、桑格测序、虚拟克隆、引物设计、质粒图谱、测序编辑等。可帮助您完成重要的序列分析任务，包括多重序列比对、PCR引物设计、计算机克隆和桑格序列组装。克隆序列验证多序列比对序...

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dnastar序列比对 DNASTAR V17.4.2更新

多序列比对的增强和更新包括：有许多多序列比对工具已经不是什么秘密了，但初始序列比对只能让你走这么远。Pro提供了多序列比对每个阶段所需的一切，不仅是比对基因水平和基因组规模序列数据所需的算法，而且还提...

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转录组/宏/基因组学分析流程，值得收藏

基因组学，转录组学，宏基因组学，我们想要了解分析步骤，就需要了解建库原理。从头测序，这种情况针对的是我们没有参考基因组，需要进行基因组拼接，然后进行基因预测和功能分析。其中，BWA-MEM用于将测序r...

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